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Vol. 86. Núm. 6.
Páginas 696-702 (Novembro - Dezembro 2020)
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Vol. 86. Núm. 6.
Páginas 696-702 (Novembro - Dezembro 2020)
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IRF6 polymorphisms in Brazilian patients with non‐syndromic cleft lip with or without palate
Polimorfismos do gene IRF6 em pacientes brasileiros com fenda labial não sindrômica com ou sem fenda palatina
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João Felipe Bezerraa, Heglayne Pereira Vital da Silvaa, Raul Hernandes Bortolina,b, André Ducati Luchessia, Marcela Abbott Galvão Ururahya, Melina Bezerra Loureiroa, Vera Lúcia Gil‐da‐Silva‐Lopesc, Maria das Graças Almeidaa, Viviane Souza do Amarald, Adriana Augusto de Rezendea,
Autor para correspondência
adrirezende@yahoo.com

Autor para correspondência.
a Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Natal, RN, Brasil
b Universidade de São Paulo (USP), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, São Paulo, SP, Brasil
c Universidade Estadual de Campinas, Escola de Ciências Médicas, Departamento de Genética Médica, Campinas, SP, Brasil
d Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Biologia Celular e Genética, Lagoa Nova, Natal, RN, Brasil
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Figuras (1)
Tabelas (2)
Tabela 1. Características clínicas dos grupos estudados
Tabela 2. Frequências genotípicas dos polimorfismos do IRF6 nos grupos estudados
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Abstract
Introduction

Non‐syndromic orofacial clefts have a complex etiology due to the contribution from both genetic and environmental risk factors, as well as the interaction between them. Among the more than 15 susceptibility loci for non‐syndromic orofacial clefts with considerable statistical and biological support, the IRF6 is the most validated gene by the majority of studies. Nonetheless, in genetically heterogeneous populations such as Brazilian, the confirmation of association between non‐syndromic orofacial clefts and IRF6 common variants is not a consolidated fact and unrecognized IRF6 variants are poorly investigated.

Objective

The aim of this study was to investigate the association of IRF6 polymorphisms with non‐syndromic orofacial clefts development in a population from northeast Brazil.

Methods

Blood samples of 186 non‐syndromic orofacial clefts patients and 182 controls from Rio Grande do Norte, Brazil, were obtained to analyze IRF6 polymorphisms (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516) by real‐time polymerase chain reaction. Non‐syndromic orofacial clefts patients were classified in cleft lip and palate, cleft palate only and cleft lip only groups.

Results

The genotype and allele frequencies of single nucleotide polymorphism rs2235371 in IRF6 showed significant differences in patients with cleft palate when compared to the controls, whereas no association was shown between rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516 and non-syndromic orofacial clefts.

Conclusion

The association found between rs2235371 and isolated cleft palate should be interpreted with caution due to the low number of individuals investigated, and more studies with larger sample size are needed to confirm these association. In addition, there is a lack of association of the rs642961, rs2236907 and rs861019 polymorphisms with non‐syndromic orofacial clefts susceptibility.

Keywords:
Nonsyndromic orofacial clefts
Etiology
IRF6
Single nucleotide polymorphism
Resumo
Introdução

As fendas orofaciais não sindrômicas possuem uma etiologia complexa devido à contribuição de fatores de risco genéticos e ambientais, assim como a interação entre eles. Dentre os mais de 15 loci de susceptibilidade para as fendas orofaciais não sindrômicas com considerável suporte estatístico e biológico, o IRF6 é o gene mais validado pela maioria dos estudos. Apesar disso, em populações geneticamente heterogêneas como a brasileira, a confirmação da associação entre as fendas orofaciais não sindrômicas e as variantes mais comuns do IRF6 ainda não é um fato consolidado e outras variantes não tão conhecidas IRF6 são pouco investigadas.

Objetivo

O objetivo deste estudo foi investigar a associação de variados polimorfismos do IRF6 com o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas em uma população do nordeste do Brasil.

Método

Amostras de sangue de 186 pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas e 182 controles do estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram obtidas para analisar os polimorfismos do IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516) por reação em cadeia da polimerase em tempo real. Os pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas foram classificados em fenda labiopalatina, fenda palatina isolada e fenda labial isolada.

Resultados

As frequências genotípica e alélica do polimorfismo de único nucleotídeo rs2235371 no IRF6 mostraram‐se significativamente diferentes em pacientes com fenda palatina isolada quando comparadas às dos controles, enquanto que nenhuma associação foi encontrada entre rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e risco para o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas.

Conclusão

A associação encontrada entre rs2235371 e fenda palatina isolada deve ser interpretada com cautela devido ao baixo número de indivíduos investigados, sendo necessários mais estudos com um tamanho amostral maior para confirmar essa associação. Além disso, não foram encontradas associações significativas entre os demais polimorfismos do IRF6 rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e a susceptibilidade às fendas orofaciais não sindrômicas.

Palavras‐chave:
Fendas orofaciais não sindrômicas
Etiologia
IRF6
Polimorfismo de um único nucleotídeo
Texto Completo
Introdução

As fendas orofaciais (FO) são o maior grupo de malformações craniofaciais em humanos e constituem um importante problema de saúde pública, devido às ramificações médicas, psicológicas, sociais e econômicas.1–3 As FO incluem três categorias gerais: aquelas que afetam apenas o lábio (FL), aquelas que afetam o lábio e o palato (FLP) e aquelas que afetam apenas o palato (FP).4 No entanto, estudos genéticos e embriológicos prévios sugeriram que a FL e a FP, coletivamente conhecidas como FLP, têm mecanismos etiológicos distintos quando comparados com a FP.5,6 As FO são caracterizadas por formação ou fusão incompleta de estruturas que separam as cavidades nasais e orofaríngeas e podem afetar o lábio superior, o palato duro e/ou mole e outras partes da face.7

A maioria dos FO não está associada a malformações ou anomalias adicionais e, portanto, são classificadas como FO não sindrômicas (FONS). Apesar da importante influência de fatores de risco ambientais, como o consumo materno de álcool e cigarros, os fatores genéticos têm a maior contribuição etiológica para as FONS. De fato, os primeiros estudos de Fogh‐Anderson e subsequente análise de segregação e estudos com gêmeos demonstraram uma alta taxa de ocorrência familiar, com uma taxa de concordância de 40% a 60% em gêmeos monozigóticos e 3% a 5% em gêmeos dizigóticos. 8,9

Até hoje, já houve suporte estatístico e biológico considerável para mais de 15 loci de susceptibilidade para FONS. Desses, 1q32, inclusive o fator regulador de interferon 6 (IRF6), que foi inicialmente identificado em estudos de genes candidatos,10 e é o locus mais validado em estudos de associação genômica ampla (GWAS, Genome‐Wide Association Studies) de FONS.11 Além disso, mutações estruturais no IRF6 também podem causar as síndromes de Van der Woude e do pterígio poplíteo.12 Análises de modelos animais indicam que o IRF6 desempenha um papel importante no desenvolvimento facial, participam da proliferação e diferenciação de queratinócitos durante a formação da periderme oral e sua regulação espacial‐temporal é essencial para a fusão palatina adequada.13,14

Vários polimorfismos genéticos do IRF6 têm sido associados ao risco de FONS em muitas populações, inclusive o subtipo fendas labiais e/ou palatinas não sindrômicas (FL/PNS). O SNP rs2235371, que altera a valina para a isoleucina na posição do aminoácido 274 (V274I), foi um dos primeiros polimorfismos significantemente associados ao FL/PNS em populações asiáticas e ameríndias.15,16 Entretanto, esse resultado não foi reproduzido em outros estudos.17–19 A variante rs642961, a qual está localizada dentro de um enhancer ∼ 10kb upstream do início da transcrição do IRF6, mostrou ser uma variante causativa em pessoas de ascendência europeia, foi responsável por 18% da ocorrência de fenda labial não sindrômica (FLNS).20 O alelo A do rs642961 mostrou ser significantemente associado com FL/PNS em alguns estudos,21,22 mas esses resultados não foram reproduzidos em populações do Brasil, Irã ou Escandinávia.19,23 Outro GWAS sugeriu evidências de uma associação entre rs1044516 e FL/PNS em populações asiáticas, mas não em outras populações.11 Esse mesmo polimorfismo também mostrou evidências de uma interação com o tabagismo materno em trios de pais e casos chineses.24

A associação entre as variantes do IRF6 e as FONS tem sido amplamente explorada em várias populações, em um esforço para determinar se a triagem da mutação do IRF6 deveria se tornar um procedimento de rotina, dado seu papel crucial nas FO. No entanto, em populações geneticamente heterogêneas, como as brasileiras, a associação entre FONS e variantes comuns do IRF6 não foi confirmada e variantes não reconhecidas do IRF6 foram pouco investigadas. Portanto, o objetivo deste estudo foi investigar a associação dos polimorfismos do IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516) com o desenvolvimento de FONS em uma população do nordeste do Brasil. Além disso, avaliamos o efeito potencial de combinações alélicas dos polimorfismos do IRF6 no desenvolvimento de FONS.

MétodoPopulação

A população do estudo consistiu em 186 pacientes com FONS e 182 indivíduos‐controle. Pacientes com FONS entre 1 e 25 anos de ambos os sexos foram recrutados na Unidade de Endocrinologia Pediátrica do Hospital Universitário Onofre Lopes (HUOL) da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) e do Hospital Pediátrico Varela Santiago, ambos em Natal, Estado do Rio Grande do Norte, Brasil. O grupo controle consistiu em crianças com mais de 5 anos sem histórico familiar de fissuras, recrutadas em escolas públicas de Natal, no Rio Grande do Norte, Brasil. Os pacientes com FONS foram classificados como fenda labial e palatina (FLP), apenas fenda palatina (FP) ou apenas fenda labial (FL), de acordo com o esquema de Fogh‐Andersen.9 Um geneticista avaliou os pacientes e excluiu aqueles com características de qualquer síndrome associada.

O comitê de ética em pesquisa com seres humanos da Universidade Federal do Rio Grande do Norte aprovou o estudo sob o número 787.389. O estudo foi feito de acordo com a Declaração de Helsinque e a resolução n° 66/12 do Conselho Nacional de Saúde do Brasil. Consentimento informado por escrito foi obtido de todos os indivíduos adultos e pais ou responsáveis legais de participantes menores de idade.

Análise genética

O DNA genômico foi isolado de leucócitos de sangue periférico com um minikit QIAamp DNA Blood (Qiagen, Valencia, CA, EUA). A genotipagem foi feita por discriminação alélica com tecnologia TaqMan® com o sistema 7500 Fast Real‐Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). Os ensaios pré‐projetados, C_15952140_10, C_2238941_10, C_11672849_20, e C_2500178_10 (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA) foram usados para genotipar os polimorfismos rs2235371, rs642961, rs2236907 e rs861019 do IRF6, respectivamente. Para o polimorfismo rs1044516, primers e sondas foram projetados com o software Primer Express® (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). Os primers foram sintetizados por Integrated DNA Technologies (Coralville, IA, EUA) e as sondas por Applied Biosystems. Os primers e sondas para este ensaio são os seguintes: forward, 5′GAGGAATGGATGAGTGATTTGTGA3′; reverse, 5′ATGTACTCTCCCGGCATTCTGA3′; sonda 1, 5′‐FAM‐TCTTAACTAGATACCCCGGTT‐MGB‐3′ e sonda 2, 5′‐VIC‐TAGATAACCCGGTTTC‐MGB‐3′. Para validar o método de genotipagem, 10% das amostras foram escolhidas aleatoriamente para regenotipagem.

Os polimorfismos genotipados neste estudo foram escolhidos com base nos seguintes critérios: associações relatadas anteriormente com FO, localização dentro de regiões reguladoras, codificadoras ou putativas e interações conhecidas com fatores ambientais. TagSNPs foram usados para identificar a variação haplotípica comum dentro do IRF6. O rs2235371 está localizado no exon 7, o rs642961 está localizado dentro de um enhancer, o rs2236907 está em uma região intrônica, o rs861019 está dentro do 5′‐UTR e o rs1044516 está dentro do 3′‐UTR.

Análises estatísticas

O equilíbrio de Hardy‐Weinberg foi avaliado através do teste do qui‐quadrado. Associações entre polimorfismos e grupos fenotípicos foram avaliadas pelo cálculo do odds ratio (OR) e seu IC 95% associado com o pacote SNPassoc do software estatístico R, versão 2.15.2 (R Foundation for Statistical Computing, Viena, Áustria). O desequilíbrio de ligação (LD) entre pares foi calculado como D’ para todos os SNPs com o programa Haploview (versão 4.2; Broad Institute, Cambridge, MA, EUA). A estrutura de blocos de haplótipos foi determinada com o algoritmo de intervalo de confiança25 e as frequências haplotípicas foram estimadas com o algoritmo de maximização da expectativa. Um valor de p <0,05 foi considerado significativo.

Resultados

A tabela 1 mostra as características clínicas dos grupos de estudo e controle. Entre os 186 pacientes com FONS, houve predominância do sexo masculino, especialmente com os tipos FL e FLP e maior número de indivíduos do sexo feminino no tipo FP, o que está de acordo com estudos anteriores. Não houve diferenças na distribuição etária entre os grupos de estudo e controle. FLP foi o tipo de fenda mais relatado, seguida por FP e FL. Aproximadamente um terço dos pacientes apresentava histórico familiar de fendas. Todos os polimorfismos estudados estavam em equilíbrio de Hardy‐Weinberg em ambos os grupos. As distribuições alélicas e genotípicas dos polimorfismos do IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, e rs1044516) em casos do estudo e controles são apresentadas na tabela 2. Levando em consideração as diferenças embriológicas de FONS, as frequências dos polimorfismos do IRF6 no grupo de estudo foram analisadas nos subgrupos FL/P (FL+FLP) e FP. Houve uma associação significante entre rs2235371 e FP, o alelo T (p=0,004) e o genótipo TT (p=0,016) foram mais frequentes no grupo FP do que no grupo controle.

Tabela 1.

Características clínicas dos grupos estudados

  Caso(n=186)  Controle(n=182)  p‐valor 
Sexoa
Masculino  119 (64,1%)  90 (49,4%)  <0,001 
Feminino  67 (35,9%)  92 (50,6%)   
Idadeb  8,1±7,5  11,7±6,2  0,175 
Tipos de fendas
Fenda labiopalatina (FLP)  106 (57,0%)     
Masculino  84 (79,2%)     
Feminino  22 (20,7%)     
Fenda labial isolada (FL)  42 (22,6%)     
Masculino  28 (66,6%)     
Feminino  14 (33,3%)     
Fenda palatina isolada (FP)  38 (20,4%)     
Masculino  06 (15,7%)     
Feminino  32 (84,2%)     
a

Teste de qui‐quadrado.

b

teste t.

Tabela 2.

Frequências genotípicas dos polimorfismos do IRF6 nos grupos estudados

Polimorfismos  Genótipos  Controle  FLP+FL (%)  OR (95% CI)  p‐valor  FP (%)  OR (95% CI)  p‐valor 
rs2235371CC  163 (89,6%)  129 (87,1%)  1,00  0,247  29 (76,3%)  1,00  0,016a 
CT  17 (9,3%)  16 (10,8%)  1,61 (0,84–3,10)    05 (13,2%)  1,65 (0,57–4,83)   
TT  02 (1,1%)  03 (2,0%)  2,19 (0,39–12,12)    04 (10,5%)  11,24 (1,97–64,22)   
Portador de alelo menor (CT+TT)Frequência de alelo menorrs64296119 (10.4%)  19 (12,8%)  1,22 (0,54‐1,72)  0,887  09 (23,7%)  2,35 (0,23‐3,71)  0,033a   
21 (5.75%)  22 (7,4%)  1,16 (0,69‐1,55)  0,762  13 (17,1%)  3,01 (0,97‐8,97)  0,004a   
GG  133 (73,5%)  112 (74,3%)  1,00  0,754  30 (76,9%)  1,00  0,590 
GA  43 (23,8%)  29 (19,5%)  0,84 (0,51–1,39)    07 (17,9%)  0,72 (0,30–1,76)   
AA  05 (2,8%)  06 (6,2%)  1,17 (0,35–3,94)    02 (5,1%)  1,77 (0,33–9,58)   
Portador de alelo menor (GA+AA)  48 (26.6%)  35 (25,7%)  1,56 (0,98‐5,67)  0,587  09 (23,0%)  2,34 (0,96‐5,98)  0,672   
Frequência de alelo menorrs223690753 (14.7%)  42 (15,9%)  1,89 (0,34‐3,27)  0,892  11 (14,0%)  3,57 (0,64‐4,57)  0,748   
CC  93 (51,3%)  65 (43,6%)  1,00  0,216  20 (51,3%)  1,00  0,384 
CA  57 (31,7%)  51 (34,8%)  0,80 (0,50–1,26)    10 (25,6%)  1,24 (0,54–2,84)   
AA  28 (15,5%)  32 (21,6%)  1,31 (0,71–2,42)    09 (23,1%)  2,04 (0,74–5,62)   
Portador de alelo menor (CA+AA)  85 (47,2%)  83 (56,4%)  2,01 (1,17‐3,12)  0,465  19 (48,7%)  3,25 (0,12‐12,89)  0,872   
Frequência de alelo menor  113 (31,3%)  115 (39,0%)  1,69 (0,82‐2,89)  0,567  28 (35,9%)  2,12 (0,45‐5,12)  0,723   
rs861019AA  85 (46,1%)  72 (48,9%)  1,00  0,827  20 (52,6%)  1,00  0.396 
AG  64 (35,0%)  50 (34,2%)  1,08 (0,69–1,72)    15 (39,4%)  1,01 (0,48–2,13)   
GG  33 (18,9%)  26 (16,9%)  0,91 (0,50–1,66)    03 (7,8%)  0,49 (0,15–1,61)   
Portador de alelo menor (CA+AA)  97 (53,9%)  76 (51,1%)  1,98 (1,21‐2,93)  0,657  18 (47,2%)  2,78 (1,12‐3,27)  0,827   
Frequência de alelo menor  130 (36,4%)  106 (34,0%)  1,23 (0,67‐3,56)  0,734  23 (27,5%)  3,89 (0,45‐6,34)  0,645   
rs1044516AA  99 (55,0%)  88 (59,4%)  1,00  0,645  20 (51,3%)  1,00  0.893 
AC  71 (39,4%)  52 (35,1%)  0,82 (0,53–1,26)    17 (43,6%)  1,19 (0,58–2,42)   
CC  10 (5,6%)  08 (5,4%)  0,84 (0,33–2,15)    02 (5,1%)  0,99 (0,20–4,87)   
Portador de alelo menor (AG+GG)  81 (45.0%)  60 (40,5%)  2,10 (1,02‐3,65)  0,362  19 (48,7%)  1,87 (1,65‐3,01)  0,574   
Frequência de alelo menor  91 (25.3%)  68 (22,9%)  3,21 (0,75‐4,96)  0,824  21 (26,9%)  3,15 (0,89‐4,56)  0,897   
a

Associação significante, p <0,05.

FLP, fenda labiopalatina; FL, fenda labial isolada; FP, fenda palatina isolada.

Nenhum dos polimorfismos estudados mostrou diferenças nas frequências alélicas ou genotípicas entre o grupo de casos total e os controles (dados não mostrados). A análise de LD dos polimorfismos do IRF6 é mostrada na figura 1. Um bloco de haplótipos foi construído entre rs861019 e rs642961; no entanto, ele não mostrou associação significante FONS (p >0,05).

Figura 1.

Gráfico de desequilíbrio de ligação entre pares de IRF6/rs1044516, rs2235371, rs2236907, rs861019 e rs642961 na amostra combinada (casos & controles) mostra os valores de r2 (×100). O bloco é projetado de acordo com a coluna sólida de desequilíbrio de ligação (LD) desenvolvida internamente. O valor dentro de cada diamante representa a correlação paritária entre pares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs, single‐nucleotide polymorphisms) (medidos como 100×r2) definidos pelos lados superior esquerdo e superior direito do diamante. Abaixo são mostradas a frequência de cada haplótipo.

(0,15MB).
Discussão

As FONS têm sido estudadas por muitos anos, na tentativa de entender sua etiologia, uma vez que constituem a maioria dos casos de FO. Os fatores genéticos são conhecidos por desempenhar um papel importante no desenvolvimento de FO, dado o aumento do risco de ocorrência em parentes até o terceiro grau, quando comparado com a população em geral.26 Em estudos anteriores, variações no IRF6 foram responsáveis por uma porcentagem considerável da contribuição genética para FONS. As variantes do IRF6 também foram associadas com os subfenótipos mais graves e variações de forma simétricas nesses pacientes, inclusive uma testa com maior protrusão, um nariz mais curto e plano mandibular mais inclinado.10,22,27–30 Entretanto, estudos que investigaram os polimorfismos do IRF6 em diferentes populações de pacientes apresentaram resultados divergentes.17,31 Esses achados são especialmente discordantes em estudos com populações miscigenadas, como as do Brasil, cujos resultados variaram de acordo com a região geográfica e etnia estudada.16,19,32 Assim, a fim de melhor compreender a associação do IRF6 com o FONS, avaliamos os polimorfismos rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 em uma população brasileira.

Nenhum dos alelos ou genótipos nos polimorfismos do IRF6 aqui avaliados foi associado a um risco aumentado de FONS na população estudada. Embora tenha sido encontrada uma associação entre rs2235371 e o grupo FP, esse resultado deve ser interpretado com cautela, uma vez que o pequeno número de indivíduos desse grupo afetou a confiabilidade do resultado e a associação perdeu significância após a correção para múltiplos testes. Um resultado similar para rs2235371 em pacientes com FP foi relatado em uma população indiana.33

Vários estudos relataram associações entre o risco de rs2235371 e FONS, especialmente em populações asiáticas. Um estudo de GWAS feito por Sun et al.15 mostrou que a variante rs2235371 estava consistentemente associada com FL/PNS e parecia ter uma importância maior do que a variante causal previamente identificada, rs642961, em populações chinesas.15 O alelo A e os genótipos AA e AG em rs2235371 foram associados com um risco diminuído de FL/PNS nessa população quando comparados aos genótipos GG. Entretanto, em brancos, esses genótipos não estão significantemente associados às FONS.31 A baixa frequência do alelo que codifica a isoleucina em populações de descendência europeia é uma possível explicação para esses resultados divergentes entre as populações.20 De fato, o rs2235371 parece não ser causal, mas sim estar em LD com outra variante causal no IRF6.27

Entre os estudos feitos em populações brasileiras, Letra et al.32 investigaram 142 trios pais‐casos de São Paulo e encontraram uma associação positiva entre o polimorfismo rs2235371 e os subfenótipos específicos, casos de FLP e FP completos com impactação de dentes permanentes. Embora o IRF6 não tenha sido um forte fator de risco nesse estudo, os autores sugeriram que as variantes do IRF6 contribuíram para o subfenótipo específico, ao controlar o lado do desenvolvimento de fenda unilateral.

De Souza et al.16 estudaram 673 indivíduos do sul, sudeste e nordeste do Brasil e observaram uma associação significante entre o alelo G em rs2235371 e FL/P e FL, mas não FP em indivíduos com ascendência europeia. Em contraste, Paranaiba et al.19 estudaram 228 pacientes de Minas Gerais, Brasil e não observaram associação entre rs2235371 e FONS.

O SNP rs642961 mostrou estar associado com FL/PNS em populações europeias e asiáticas.21,31 O alelo A e os genótipos AA e GA em rs642961 mostraram‐se significantemente associados a FL /PNS, especialmente em indivíduos com FL.20,31 Do Rego‐Borges et al.34 estudaram 293 pacientes não aparentados com FL/PNS de uma população brasileira com alto nível de ancestralidade africana (estado da Bahia) e encontraram uma associação marginal com heterozigotos rs642961 (GA), o que eles atribuíram ao componente significante de ancestralidade europeia nessa população.

Entretanto, como no presente estudo, muitas investigações não conseguiram reproduzir essa associação com rs642961. No presente estudo, a falta de associação pode ser atribuída ao menor tamanho da amostra e ao efeito da heterogeneidade clínica entre os indivíduos afetados (por exemplo, variação na gravidade da doença).22 De fato, alguns estudos encontraram apenas uma associação com esse SNP ao analisar subtipos específicos de fendas ou ao analisar combinações haplotípicas com outros polimorfismos. Sun et al.15 demonstraram que o efeito de rs642961 pode ser enfraquecido por rs2235371, sugeriram que as variantes principais podem estar localizadas no rs2235371 em haplótipos relacionados.

Brito et al.35 estudaram 563 pacientes com FL/PNS de cinco cidades brasileiras e não encontraram associação significante de alelos com rs642961. No entanto, quando estratificados por subfenótipos, foi encontrada uma associação entre rs642961 e FL. De Souza et al.16 não relataram uma associação quando rs642961 foi analisado individualmente, mas análises de haplótipos mostraram uma associação do alelo A de rs642961 e do alelo G de rs2235371 com um risco aumentado de FL/PNS em crianças e suas mães.

Embora se saiba que a informação do haplótipo pode aumentar a resolução dos dados genéticos em comparação com o exame dos SNPs individualmente, nosso estudo não mostrou associação significante com o haplótipo construído e o risco de FONS.

Conclusão

Embora as contribuições de genes únicos, como o IRF6, pareçam agora explicar aproximadamente 15% dos casos de FONS, no presente estudo de caso‐controle não houve associações significantes entre os SNPs rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 ou rs1044516 no IRF6 e FONS. Apesar de ter encontrado uma associação entre rs2235371 e risco de FP em nossos pacientes, estudos adicionais em populações similares, mas com amostras maiores, são necessários para investigar associações potenciais com diferentes subfenótipos de FONS e identificar o padrão de variantes genéticas do IRF6 em populações miscigenadas, como as encontradas no Brasil.

Financiamento

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Brasil, sob o número 477608/2011‐6.

Conflitos de interesse

Os autores declaram não haver conflitos de interesse.

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Como citar este artigo: Bezerra JF, Silva HP, Bortolin RH, Luchessi AD, Ururahy MA, Loureiro MB, et al. IRF6 polymorphisms in Brazilian patients with non‐syndromic cleft lip with or without palate. Braz J Otorhinolaryngol. 2020;86:696–702.

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